アロガント王子に化けた仮面邪教僧が乗り込んだ最新鋭艦エグゼキュータ号に襲われたメディオンの乗り込むシーゲイト号。その危機を乗り越えたメディオン軍だがシーゲイト号の艦長レリアンス将軍は沈没寸前のエグゼキュータ号でフィアール司祭のワナにはまり船倉にある牢に閉じこめられてしまった。エグゼキュータ号の船倉の牢に閉じ込められたレリアンス将軍のためにカギを持って逃げた司祭を追いフラガルドへ発たねばならぬ役目を鳥人としての機動力を生かせるゼロが引き受けたのだった。さっそくゼロはフラガルドへと飛ぶ。
時を同じくして、マジェスティ王子の軍師ブレスビィがデストニアの危機を伝えるためにフラグシップ号で航海に出ていたのである。そして海上にあがる煙を見つけその煙を頼りに接近してみると、そこでシーゲイト号とエグゼキュータ号の姿を発見するのだった。
ブレスビィは稲妻を放つ巨大な飛行物体がデストニア城を攻撃してきていることを伝える。エルベセムの最高指導者であるグラシアはその飛行物体がワルキューレであることを告げ、自分がワルキューレを何とかすると言う。そしてジュリアンはメディオン軍を離れ、ヒュードルが絡むワルキューレの事件を解決するために旅立つことを決意するのだった。そしてそれぞれの思いを胸に抱きドンホートと（プレイヤーの行動の結果によってエキュアルがシーゲイト号に乗り込んでいれば）エキュアルもその旅に同行することになった。
メディオン軍のリーダーたるメディオン王子は、メディオン軍を離れグラシアとともに旅立つ彼らを快く許し、ドミネート皇帝の行方を追ってサラバンドに向かうことになる。
ゼロは空を飛びフィアール司祭の向かったフラガルドへ。メディオン軍はエグゼキュータ号を牽引するシーゲイト号で共和国のヘッドランドに向かった海上都市サラバンドへ。そしてジュリアン軍はフラグシップ号に乗り込みデストニアへ。こうしてそれぞれの者たちは、それぞれの運命に従い新たな旅立ちの時を迎えた。
シナリオ２のエピローグでジュリアン軍はフラグシップ号に乗り込み霧深く暗い夜の海を進み続ける。はたしてジュリアン軍は絡み合った運命の糸をどのように解き、そしてどんな新たな運命の糸を紡ぐのだろうか。そしてデストニアの運命は？
前シナリオでは、メディオンとシンビオスが数々の紆余曲折を乗り越えて一触即発の皮肉な再会を果たしたが、はたして彼らの運命は？
そして・・・ジュリアン軍の航海とともにシャイニング・フォースIII最終章シナリオ３の幕は開けるのだった。
プレイヤーの行動次第で、シナリオ２の４章でシーゲイト号に乗り込んでいるエキュアル。そのエキュアルはシナリオ２でシーゲイト号に乗り込んでいると、グラシアとともに旅立つジュリアンに同行することになる。
これはシナリオ２の２章、アナフェクト村でプロフォンド軍の恋人であり副官であるステラを助けているか否かによって関わってくるシンクロニシティストーリーである。プロフォンド軍がアナフェクト村で船を手に入れて共和国に向かう際に、プレイヤーであるメディオン軍に副官ステラを倒されると、その復讐の準備のために一目散に共和国目指して戻るためエルベセムに向かったエキュアルに出会わなくなるからであり、ステラを助けていると、ステラの命を救ってもらったその恩に報いようとエルベセムへ向かったメディオン軍に出会えないものかとエルベセム周辺に向かったプロフォンド軍の船がバーランドの町近辺でエキュアルを偶然発見するため、その場合エキュアルはシーゲイト号に乗り込むことなくプロフォンド軍と一緒に共和国へ戻っていってしまうのである。
そしてシナリオ３ではその行動がまたまたシンクロニシティするのです。エキュアルが仲間になっているか、なっていないかによってデストニアの町で仲間になるキャラクターに違いがあることに、プレイしていてお気づきになりましたでしょうか。そうです、なんとメディオンの腹違いの妹イザベラが仲間になるケースとならないケースが起こるという大きなシンクロニシティが生じているのです。このシンクロニシティはストーリー的にもプレイヤーキャラクター編成的にも大きな要素となりそうですね。
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